De R&D afdeling is continu op zoek naar de laatste nieuwe kennis op vlak van afvalwaterbehandeling, rioolbeheer, regenwaterbeheer en andere cruciale aspecten van de watercyclus. Ontbreekt er kennis? Dan werken ze nauw samen met partners zoals universiteiten om verdere expertise te ontwikkelen.

Sinds 2021 heeft Aquafin, naast een R&D afdeling, ook een afdeling innovatie. De innovatieafdeling richt zich op het toepassen van de verworven kennis en zet dit om in nieuwe of aangepaste producten en diensten. Zij zoeken voortdurend naar verbeteringen en innovatieve ideeën binnen Aquafin om in te spelen op maatschappelijke uitdagingen en waarde toe te voegen. Bijvoorbeeld door de levering van groene energie, in de vorm van warmte (riothermie) en aardgas (biomethaanproductie). Of door ontwikkeling van diverse slimme sturingen om overstortwerking te vermijden of om regenwater te hergebruiken.